Mikroobianalüüsi on alates selle kasutuselevõtust 1970. aastatel pidevalt arendatud ja täiustatud. Algselt kasutati seda peamiselt keskkonnaproovide tuvastamiseks, hiljem laienes see järk-järgult meditsiini, põllumajanduse, biotehnoloogia jne valdkondadele. Biotehnoloogia pideva arenguga on mikroobianalüüsi pidevalt uuendatud ja täiustatud, muutudes oluliseks analüüsimeetodiks. .
